Trường trung học cơ sở (THCS) Nguyễn Tri Phương được thành lập từ năm 1999 trên cơ sở được tách ra từ Trường Phổ thông cơ sở Ninh Thọ theo Quyết định số: 53/QĐ-SGDĐT-TC ngày 9/5/1999 của Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo Khánh Hòa (SGD&ĐT), Trường đóng trên địa bàn xã Ninh Thọ, thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa, là vùng nông thôn ven biển, đời sống nhân dân tuy có bước chuyển biến tốt nhưng vẫn còn một số hộ gia đình nghèo, khó khăn, ít quan tâm đến việc học của con em mình. Cơ sở vật chất (CSVC) của nhà trường tương đối đầy đủ. Hệ thống phòng học và các phòng chức năng đảm bảo đáp ứng được yêu cầu dạy và học trong tình hình hiện nay. Cảnh quan, môi trường khang trang, sạch đẹp

Trong quá trình xây dựng và trưởng thành, Trường THCS Nguyễn Tri Phương từng bước phát triển và đã đạt được nhiều thành tích đáng khích lệ trên tất cả các mặt hoạt động: Nhiều năm đạt danh hiệu Tập thể lao động Tiên tiến, các tổ chức: Đảng, Công đoàn, Chi đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh (TNCSHCM) và Đội thiếu niên Tiền phong Hồ Chí Minh (TNTPHCM) được công nhận vững mạnh xuất sắc, nhà trường liên tục được công nhận là Cơ quan Văn hóa.